Seit 1998 gibt es die Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. Sie hat den Auftrag, dauerhaft die Auseinandersetzung mit den Ursachen, der Geschichte und den Folgen der kommunistischen Diktatur und der deutschen und europäischen Teilung zu befördern und zu stärken. Dazu fördert sie vielfältige Projekte im ganzen Bundesgebiet und trägt durch eigene Veranstaltungen, Ausstellungen, Bildungs- und Webangebote sowie Publikationen zur Beschäftigung mit der kommunistischen Diktatur bei. Die Stiftung wird aus dem Etat der Beauftragten der Bundesregierung für Kultur und Medien finanziert.

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In der 1991 gegründeten Union der Opferverbände Kommunistischer Gewaltherrschaft e.V. (UOKG) sind mehr als 30 Verbände aus der gesamten Bundesrepublik organisiert. Ihr Ziel ist es, die Interessen der Opfer kommunistischer Gewaltherrschaft zu vertreten und die Erinnerung an deren Leid zu bewahren. Mit ihren Beratungsstellen setzt sie sich für die Anerkennung aller Opfer und deren Entschädigung im Rechtsstaat ein. Mit Veranstaltungen, Publikationen und einer Wanderausstellung trägt sie dazu bei, in der Öffentlichkeit ein Bewusstsein für das Leid sowie die Anliegen der Opfer zu schaffen. 

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Die Robert-Havemann-Gesellschaft wurde im November 1990 von der Bürgerbewegung Neues Forum als politischer Bildungsverein gegründet. Sie dokumentiert und vermittelt Geschichte und Erfahrungen von Opposition und Widerstand in der DDR. Zu diesem Zweck betreibt die Robert-Havemann-Gesellschaft ein Archiv unter anderem mit Unterlagen von Oppositionellen, Friedens- und Umweltgruppen sowie der Bürgerbewegungen. Hinzu kommen Publikationen, Ausstellungen, Dokumentationen, Veranstaltungen und Seminare.

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Die Gedenkstätte Geschlossener Jugendwerkhof Torgau dokumentiert und vermittelt am historischen Ort die Geschichte der einzigen geschlossenen Umerziehungseinrichtung der DDR und informiert über die repressiven Strukturen des DDR-Heimerziehungssystems. Sie verdeutlicht die Auswirkungen des begangenen Unrechts und ermöglicht ein würdiges Erinnern und Gedenken an die Schicksale der ehemaligen Heimkinder. Neben der Dauerausstellung und Wanderausstellungen bietet die Gedenkstätte auch Führungen, moderierte Zeitzeugengespräche sowie Projekt- und Seminartage an.

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Die 1996 gegründete Gedenkstätte Deutsche Teilung Marienborn befindet sich auf dem Gelände der DDR-Grenzübergangsstelle Marienborn an der Autobahn Berlin – Hannover, des größten Grenzübergangs der DDR an der innerdeutschen Grenze. Sie erinnert an die Menschen, die durch das Grenzregime der DDR ihre Heimat verloren, Leid und Unrecht erfuhren oder getötet wurden. Zugleich ist sie ein Ort der internationalen Begegnung, der Forschung und der historisch-politischen Bildung mit zahlreichen Veranstaltungen. Zur Gedenkstätte gehört seit 2004 auch das 17 Kilometer südlich gelegene Grenzdenkmal Hötensleben.

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Das Deutsch-Deutsche Museum Mödlareuth widmet sich der Deutschen Teilung. Es erhält die denkmalgeschützten früheren Grenzsicherungsanlagen, sammelt Objekte und Zeugnisse, die in Zusammenhang mit den Sperranlagen der innerdeutschen Grenze stehen und erstellt Informations- und Dokumentationsmaterialien. Der Bund fördert das Museum gemeinsam mit den Ländern Thüringen und Bayern.

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Die Stiftung Berliner Mauer erinnert an sechs Standorten in Berlin an die deutsche Teilung. Dazu gehören etwa die Gedenkstätte Berliner Mauer in der Bernauer Straße, das Notaufnahmelager Marienfelde sowie das Parlament der Bäume. Aufgabe der Stiftung ist es, die Geschichte der Berliner Mauer und der Fluchtbewegungen aus der DDR zu dokumentieren und zu vermitteln, ihre historischen Orte und Spuren zu bewahren und ein würdiges Gedenken an die Opfer kommunistischer Gewaltherrschaft zu ermöglichen. Die Stiftung wird vom Bund und dem Land Berlin finanziert.

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Die Stiftung Gedenkstätte Berlin-Hohenschönhausen erinnert am authentischen Ort des ehemaligen zentralen Untersuchungsgefängnisses des Ministeriums für Staatssicherheit in Hohenschönhausen an die politische Verfolgung in der SBZ und in der DDR. Sie informiert und forscht über die Geschichte des ehemaligen Haftortes und das System der politischen Justiz in der DDR. Mit Ausstellungen, Publikationen und ihrer historisch-politischen Vermittlungsarbeit soll sie zur gesellschaftlichen Auseinandersetzung mit der Geschichte der kommunistischen Diktatur anregen. Finanziert wird die Stiftung gemeinsam vom Bund und dem Land Berlin.

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